原告是一股份公司,被告为市场监督管理局。原告在一审中提起诉讼,认为市场监督管理局吊销其营业执照没有法律依据,被告因自身原因当时没有出具相关证明,法院判其败诉。之后,被告提出上诉,在二审中出具了一份红头文件,该文件在被告处罚原告之前就生效了。请问法院该如何处理本案?( )